Фамилия Лягушенко сразу бросается в глаза своей прозрачной основой — «лягуш-». Но простота эта обманчива. В отличие от множества фамилий, образованных от названий животных, здесь угадывается не прозвище за сходство с земноводным, а скорее профессиональное или территориальное прозвище. Дело в суффиксе -енко, который в украинской ономастике XVI–XVIII веков указывал на принадлежность к роду или на происхождение из определённой местности. Лягушенко — это не «сын человека по прозвищу Лягушка», а скорее «тот, кто из Лягушева» или «потомок Лягуша».

Вероятнее всего, фамилия восходит к названию населённого пункта вроде Лягушино, Лягушевка или Лягушовка. Такие топонимы встречаются на Украине и в южных областях России — их давали болотистым местам, где водилось много лягушек. Человек, переехавший из такого села в город, получал прозвание Лягуш, а его дети уже писались Лягушенко. Модель образования через -енко типична для центральных и левобережных регионов Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина), где этот суффикс вытеснил более старые русские -ов и -ев.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований: прозвище Лягуш мог получить человек с хриплым или «квакающим» голосом, а также тот, кто в детстве любил ловить лягушек или жил у болота. В казацкой среде такие бытовые прозвища были распространены, но они редко закреплялись в фамилиях без дополнительного суффикса. Если бы фамилия была Лягушев — это почти наверняка прозвищная основа. А суффикс -енко выдаёт именно географическое происхождение.

Интересно, что фамилия Лягушенко не фиксируется в ранних реестрах запорожского казачества, где много «животных» фамилий (Вовк, Заєць, Гусак). Она появляется позже, в метрических книгах XIX века, и чаще всего в Харьковской и Екатеринославской губерниях. Это подтверждает версию о переселенцах из болотистых районов, которые принесли с собой название родного хутора.

В современной России фамилия редкая и встречается в основном в Ростовской области и Краснодарском крае — там, куда в XIX веке активно переселялись украинские крестьяне. Носители фамилии по большей части не связаны с дворянством или духовенством: это потомки крестьян и казаков, чьё прозвище или место рождения закрепилось в документах при переписях.