Фамилия Лягутов — редкий случай, когда бросающаяся в глаза основа почти наверняка обманчива. Несмотря на глагол «лягу» (будущее время от «лечь»), происхождение фамилии связано не с ним, а с диалектным прозвищем или именем.

В основе фамилии лежит, скорее всего, древнерусское нецерковное имя Лягута или прозвище Лягут. Оно образовано от глагола «лягать» — бить ногой, брыкаться. В диалектах «лягута» — это брыкливый, норовистый человек, которого трудно удержать на месте, или беспокойное животное. Такое прозвище могли дать непоседливому ребёнку или упрямому, неуживчивому взрослому. Суффикс -ут(а) в древнерусских именах характерен для характеристики по действию или свойству (ср. Бегута, Свистута, Хрипута).

Формант -ов в фамилии Лягутов — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Лягуты». Фамилия закрепилась на севере европейской части России, в зоне бытования «окающих» говоров. Встречается в архангельских и вятских переписях, что подтверждает её северорусское происхождение: именно там долго сохранялась традиция нецерковных имён-прозвищ.

Ошибочное сближение с глаголом «лечь» могло возникнуть в более позднее время, когда исходное значение прозвища забылось. В народной этимологии фамилию могли переосмыслить как «тот, кто ложится», но это вторичное толкование, не имеющее отношения к тому, как фамилию образовали на самом деле. Сравните с однокоренными фамилиями Лягин, Лягушкин — все они восходят к той же лексической гнезде «лягать», а не к «лежать».