Фамилия Лынко — характерный пример украинской или южнорусской модели образования с суффиксом -ко. В славянской ономастике этот суффикс (в польском, украинском, белорусском вариантах) выполнял несколько ролей: он мог уменьшать, придавать прозвищный оттенок или указывать на происхождение от отца. В фамилии Лынко суффикс стоит прямо на корне, без дополнительных патронимических наращений — это указывает на то, что фамилия либо прозвищная, либо образована напрямую от имени или характеристики человека.

Корень «лын-» менее прозрачен, чем, например, «Иван-» или «Петр-». Самая вероятная версия связывает его с украинским глаголом «линути» (в диалектах — «лынути»), что значит «ударить», «хлестнуть» или «побежать, кинуться». В говорах встречается и слово «лын» — так называли порывистый ветер, сквозняк, а в переносном смысле — резкого, порывистого человека. Соответственно, Лынко мог быть прозвищем живого, быстрого в движениях или вспыльчивого человека. Менее распространённая версия возводит основу к «лын» как варианту «лён» (растение), но это фонетически спорно: в украинских говорах «лын» закрепилось именно за ветром и порывом, а лён чаще называют «льон» или «лен».

Географически фамилия Лынко тяготеет к западным и центральным областям Украины, особенно к Полтавщине, Черкащине и Киевщине. Встречается она и в южнорусских регионах, граничащих с Украиной, — например, в Курской и Воронежской областях, куда фамилия могла попасть с переселенцами в XVIII–XIX веках. В российских переписях фамилия редкая, в украинских — более заметная, но всё равно не массовая.

Примечательно, что фамилия Лынко не имеет характерных дворянских или церковных следов. Её носители, по всей видимости, происходили из крестьянской или казацкой среды. В условиях подворного учёта XIX века такая фамилия могла закрепиться за целым родом именно по прозвищу первого известного предка — Лынко, то есть «сын Лына» или просто «Лынко» как личное прозвище. Сравнение с однокоренными фамилиями (Лынчак, Лынов, Лынник) показывает, что основа «лын-» продуктивна именно в украинском ареале, что ещё раз подтверждает её диалектную природу.