Фамилия Лынская — редкий случай в русской ономастике, где географическое происхождение почти очевидно, а вот корень ставит исследователя в тупик. Суффикс -ск- (в женском роде — -ская) однозначно указывает на то, что фамилия образована от названия места: села, деревни или урочища. Такой тип характерен для польской, украинской, белорусской и русской (особенно дворянской) традиции. Предок носителя этой фамилии был либо владельцем, либо уроженцем населённого пункта с основой «Лын-» или «Лынь-».

Самая спорная часть — корень. В русских говорах слово «лын» или «лынь» имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах «лынь» — это лень, вялость, неповоротливый человек. Прозвище Лыня или Лын мог получить медлительный или ленивый крестьянин, а уже от него пошло название деревни Лынская или Лынино. Однако в ономастике есть и другая, более правдоподобная версия: «лын» — диалектная форма слова «лён» (в некоторых говорах «лын» означало само растение льна). Тогда Лынская — это «льняная» фамилия, указывающая на местность, где сеяли лён, или на прозвище человека, который его обрабатывал.

Географически фамилия привязана к западу и северо-западу России, а также к Беларуси и Украине. На картах встречаются деревни Лынки, Лынцево, Лынск (например, в Псковской и Брянской областях). В польском языке «łyn» (лин) — рыба, но для фамилии Лынская это маловероятно, так как польские топонимы обычно звучали бы как Лыньска или Линьска.

По сословной принадлежности фамилия не обязательно дворянская. В XIX веке многие крестьяне, переселявшиеся из одной деревни в другую, получали фамилию по названию покинутого села. Поэтому Лынская могла принадлежать и однодворцам, и бывшим государственным крестьянам. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не искусственная (семинарская) — её не выдумывали в духовных училищах, она выросла из живой речи и реального топонима.