Фамилия Любаковы образована от личного имени или прозвища Любак, которое восходит к славянскому корню «люб-» со значением «любить». Это одна из тех фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «Любаков», то есть сын, потомок Любака.

На Руси имена с корнем «люб-» были очень распространены. В ходу были и церковные, и мирские, некалендарные имена: Любим, Любша, Любомир, Любочад, Любомудр. Имя Любак стоит в этом же ряду. Чаще всего так называли долгожданного, горячо любимого ребёнка. Но есть и другая версия: прозвище Любак могли дать взрослому человеку за его характер или поведение. В говорах слово «любак» иногда означало любителя женщин, бабника, того, кто «любит» часто и без разбора. Оба объяснения возможны, и без конкретных записей о первом носителе трудно сказать, какое из них верное в каждом отдельном роду.

Фамилия Любаковы — не самая частая, и её география не привязана к одной области. Встречается она и в центральных регионах России, и на Урале, и в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами. В документах XVIII–XIX веков можно найти Любаковых среди крестьян, мещан и купцов — фамилия не была закреплена за каким-то одним сословием. Однотипных фамилий, образованных от того же корня, много: Любимов, Любушкин, Любавский, Любавин. Но Любаковы стоят немного особняком: суффикс -ак в основе (Любак) — это уменьшительно-ласкательная или прозвищная форма, характерная для северных и сибирских говоров. В южных и западных регионах чаще бытовали формы на -ик или -ец.

О точной дате возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий. Но уже в XVI–XVII веках имя Любак фиксируется в письменных источниках, а значит, фамилия Любаков могла появиться не позднее XVII века.