Фамилия Любутина — яркий пример «матронимической» модели, что само по себе встречается реже, чем фамилии от отцовских имён. Она образована от женского имени Любута, которое в свою очередь является производной формой от Любовь или Любава. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Любутин, то есть сын или потомок Любуты. Такое образование говорит о том, что основатель рода мог быть назван по матери — возможно, она была вдовой или играла в семье главную роль, или же просто имя Любута было в ходу в данной местности.

Само имя Любута не было каноническим, церковным. Оно относится к древнерусским, дохристианским именам-прозвищам, в основе которых лежит корень «люб-» (любить, милый, желанный). В старину так могли назвать долгожданного ребёнка, особенно девочку, но уменьшительная форма Любута могла закрепиться и за мужчиной как прозвище — ласковое или ироничное. В говорах слово «любута» иногда означало «любимый человек», «красавица», а также могло относиться к болотному растению (лютик), но эта версия менее вероятна для фамилии.

Географически фамилия Любутина привязана к центральной России и Поволжью. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях, а также в Нижегородской области. Это типичная крестьянская фамилия: в переписных книгах XVII–XVIII веков крестьяне с таким именем-прозвищем встречаются в вотчинах бояр и монастырей. Дворянских родов Любутиных не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение.

Особенность фамилии в том, что она легко путается с Любавиным или Любимовым, но отличается суффиксом и основой. Любутин — более архаичная форма, сохранившая древний суффикс -ут- (как в именах Святослав — Святута, или в фамилии Кривутин). В современном языке фамилия звучит необычно, но её корень прозрачен: она напрямую отсылает к чувству любви, что для русской ономастики редкость — большинство фамилий образованы от мирских имён, а не от абстрактных понятий.