Фамилия Люхтин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище. Её ядро — корень «люхт-», который в русских говорах имел несколько значений. В псковских и тверских говорах «люхта» — это мох, болотистое место, топь. Соответственно, Люхтой могли прозвать человека, жившего у болота или на сырой, низменной земле. Вторая версия отсылает к глаголу «люхтать» — качаться, болтаться, шататься. В этом случае прозвище могло закрепиться за неуклюжим, нетвёрдо стоящим на ногах человеком или за тем, кто ходит вразвалку.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Люхтин, то есть сын Люхты. Это типичный «фамильный патроним» от прозвища, а не от крестильного имени, что говорит о народном, а не церковном происхождении. Встречается фамилия преимущественно в северо-западных областях России — в Новгородской, Псковской, Ленинградской, а также в Вологодской. География подтверждает связь с диалектной лексикой именно этих регионов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с финно-угорским субстратом. В карельском и вепсском языках есть слово «luhd» (заливной луг, болотистая низина). Учитывая, что фамилия бытует на территории исторического расселения прибалтийско-финских народов, нельзя исключать, что прозвище Люхта — это адаптированное заимствование из местных языков, означавшее то же самое: житель сырой низины.

В сословном отношении носители фамилии в XIX веке числились в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с фамилией Люхтин не зафиксировано. В документах встречаются варианты написания: Люхтин, Люхтын, но основная форма стабильна. Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, восходят к одному или нескольким локальным родам, а не разбросаны по всей стране.