Фамилия Магари — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому её происхождение почти наверняка не связано с русским крестьянским или дворянским бытом. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию переселенцами, либо искусственно созданная в поздний период.

Первая и самая вероятная версия — еврейское происхождение. Фамилия Магари могла возникнуть как аббревиатура или акроним. В еврейской ономастике распространены фамилии, составленные из начальных букв слов, например, «Магари» — это сокращение от «Ми-Га-Ри» (מג"רי), что расшифровывается как «из дома раввина Ицхака» или «потомок гаона рабби Исраэля». Такие фамилии часто давали потомкам уважаемых раввинов или ученикам известных иешив. Встречается она преимущественно у ашкеназских евреев, особенно выходцев из Литвы, Беларуси и Украины.

Вторая версия — итальянская или греческая. В итальянском языке «magari» означает «возможно», «если бы», «хоть бы». Это слово могло стать прозвищем для человека, который часто его употреблял, или для мечтателя. Однако такая фамилия встречается в Италии крайне редко и вряд ли могла попасть в Россию массово. Для русских земель эта версия маловероятна.

Третья версия — тюркская или кавказская. В некоторых тюркских языках «магар» означает «пещера», «убежище» или «святое место». Суффикс -и может указывать на принадлежность: «из пещеры», «относящийся к святыне». Но и здесь фамилия Магари не зафиксирована как распространённая среди татар или народов Кавказа, что делает эту гипотезу слабой.

Географически фамилия Магари сегодня встречается в России, Израиле, США и в небольшом количестве в странах бывшего СССР. В России она не имеет чёткой региональной привязки — носители рассеяны, что подтверждает версию о позднем появлении фамилии в результате миграций.

Модель образования фамилии — бессуффиксная, от слова или аббревиатуры. Это редкий случай для русской фамильной системы, где доминируют патронимы на -ов/-ев. Поэтому Магари стоит рассматривать прежде всего как фамилию, принесённую извне, с высокой вероятностью еврейского происхождения.