Фамилия Магариу — редкая и необычная для русского слуха, и её происхождение почти наверняка не славянское, а южное. Самое вероятное объяснение — румынское или молдавское. В румынском языке слово «magar» означает «осёл». Суффикс «-иу» (или «-iu») — типичный для румынских фамилий, указывающий на принадлежность: буквально «ослиный», «ослицын». Прозвище Магарь (Magar) могло закрепиться за упрямым, терпеливым или невысоким человеком, а его потомки стали Магариу.

Менее вероятна, но возможна и греческая версия. В греческом есть слово «μαγαρία» (magaria) — «колдовство», «чары», или «μάγειρας» (mageiras) — «повар». Тогда фамилия могла бы означать «потомок колдуна» или «потомок повара». Однако греческий суффикс «-иу» встречается реже, чем румынский, и для греческих фамилий типичнее окончания «-опулос», «-идис».

С точки зрения словообразования, фамилия Магариу — патроним (по отцу) или прозвищная, образованная напрямую от личного прозвища без дополнительных русских суффиксов. Это говорит о том, что предки носителя, скорее всего, жили на территории исторической Бессарабии (современные Молдавия и Одесская область Украины) или в Румынии, где такие фамилии обычны. В русском языке фамилия не склоняется по падежам как типичная славянская, а остаётся неизменной, что тоже указывает на её иноязычное происхождение.

Встречается фамилия крайне редко. В дореволюционных метрических книгах и современных базах данных Магариу можно найти в основном среди молдавских и румынских семей, а также у потомков переселенцев из Бессарабии. Социальный состав — крестьяне и мещане, реже духовенство. Аристократического или боярского корня у этой фамилии не обнаружено.