Фамилия Магоммедов — редкий письменный вариант фамилии Магомедов, и это её главная особенность. В русском языке двойная «м» в корне нехарактерна для фамилий, образованных от личного имени Магомед. Как правило, в метриках, паспортах и переписях фиксировали одну «м», поэтому написание с удвоенной согласной — либо результат канцелярской ошибки при записи, либо сознательное волевое решение носителя при получении паспорта в XX веке, чтобы отличаться от однофамильцев.

Основа фамилии — арабское имя Мухаммад (Магомед в дагестанской и чеченской передаче), означающее «восхваляемый», «достойный хвалы». Это имя пророка, одно из самых распространённых в исламском мире. В русской среде имя Магомед закрепилось в форме, характерной для народов Северного Кавказа — аварцев, кумыков, лезгин, даргинцев, чеченцев.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — Магоммедов, то есть «сын Магоммеда» (при условии, что имя записано с двумя «м»). Эта модель, по наблюдениям лингвиста Б. Унбегауна, в XIX—XX веках стала универсальной для всех народов Российской империи, чьи фамилии оформлялись по русскому образцу. Таким образом, фамилия Магоммедов — не исконно русская, а «русифицированная» кавказская, возникшая в эпоху активного документирования населения.

Географически фамилия встречается прежде всего в Дагестане, Чечне и Ингушетии, а также в среде кавказских диаспор в других регионах России. Удвоенная «м» может служить указанием на конкретную ветвь рода — например, если в одном селе жили несколько семей Магомедовых, двойная согласная помогала различать их в документах.

Предки носителя фамилии Магоммедов, скорее всего, были горцами, носителями традиционного уклада, и имя Магомед давалось в честь пророка. Сословно это могли быть и уздени (свободные общинники), и представители духовенства, и крестьяне — имя само по себе не указывает на социальный статус. Фамилия не древняя, её письменная фиксация началась не ранее середины XIX века, когда российская администрация стала массово вносить горцев в ревизские сказки и посемейные списки.