Фамилия Магор — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географический или этнический признак. В отличие от типичных русских фамилий на -ов и -ин, окончание -ор сразу настораживает: оно нехарактерно для восточнославянского словообразования. Это указывает либо на западное, либо на тюркское происхождение.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с венгерским словом magyar — «венгр». В русском языке это слово исторически звучало как «мадьяр» или «магор» (через польское посредничество madziar). Прозвище Магор могли дать выходцу из Венгрии или человеку, который долго жил среди венгров. Такая модель типична для XVI–XVII веков, когда на службу в Россию приезжали иностранцы: их называли по этнониму, и это прозвище закреплялось за потомками.

Вторая версия — тюркская. В башкирском, татарском и казахском языках есть слово магор (варианты — магыр, макур) со значением «ловкий», «проворный», «изворотливый». Если фамилия сложилась в среде поволжских татар или башкир, она могла произойти от личного прозвища с такой характеристикой. Однако в русской среде эта версия менее вероятна: фамилии с тюркским корнем обычно оформлялись русскими суффиксами (-ов, -ев), а здесь их нет.

Суффикс -ор в русских фамилиях — большая редкость. Он встречается в единичных случаях, например, в фамилии Майор (от воинского звания). В фамилии Магор он, скорее всего, сохранил исходное иноязычное окончание без русификации. Это говорит о том, что носители фамилии долгое время могли жить компактно на территории, где смешивались славянские и неславянские группы — например, в Западной Украине, Белоруссии или на юге России.

География фамилии сегодня неширокая: единичные носители встречаются в России, на Украине и в Молдавии. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что указывает на её позднее оформление или малочисленность рода. В сословном отношении Магоры, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не известно.

Однокоренные фамилии — Мадьяр, Маджаров, Магоров (последняя как раз образована по стандартной русской модели). Разница в написании часто зависела от того, через какой язык пришло исходное слово: «Магор» — через польский, «Мадьяр» — через венгерский напрямую.