Фамилия Макалеева — женская форма фамилии Макалеев. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или имени, которое в русском языке подверглось переосмыслению и адаптации. Наиболее вероятная версия — связь с тюркским именем Макалей или Мокалей, которое могло означать «счастливый», «благословенный» или быть производным от арабского «макбул» (принятый, угодный). В русской среде такое имя или прозвище могли дать человеку с восточными корнями, либо оно закрепилось за выходцем из татарской или башкирской среды.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Макалеев буквально означает «сын Макалея». Модель типична для русских фамилий, образованных от неканонических имён или прозвищ. Интересно, что фамилия не получила распространения в центральных регионах России — она встречается в основном в Поволжье, особенно в Татарстане и Башкирии, а также среди русских старообрядческих общин, где сохранялись архаичные или локальные антропонимы.

Менее правдоподобная, но возможная версия — связь с греческим именем Макарий (блаженный). В этом случае Макалеев могло быть искажённой формой от Макарьев или Макаров, но фонетика и география фамилии (отсутствие в южных и западных областях) делают эту гипотезу слабой. Скорее всего, перед нами пример регионального, а не общеславянского антропонима.

В дореволюционных записях фамилия могла писаться через «о» — Макалеев, что отражает акающее произношение. Носители фамилии, судя по косвенным данным, были крестьянами или мещанами; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.