Фамилия Макарон — редкий случай, когда прозвище или профессия почти не изменили форму, перейдя в наследственное имя. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, эта стоит особняком: она представляет собой «застывшее» нарицательное слово без дополнительных суффиксов. Такая модель образования характерна для украинской, белорусской и отчасти польской ономастики (сравните фамилии Гарбуз, Сокира, Коваль). Поэтому первое, что можно сказать с уверенностью: географические корни Макарон, скорее всего, лежат на западе или юго-западе Российской империи — в современной Украине или Беларуси.

Основа фамилии прозрачна: слово «макарон» (или «макарона»). Но здесь есть развилка. Самая прямая версия — прозвище, данное человеку за любовь к макаронам, за худобу («длинный и тонкий, как макаронина») или за работу, связанную с их изготовлением или продажей. Вторая, более глубокая версия, отсылает к итальянскому влиянию. В южнорусских и украинских говорах макаронами могли называть не только блюдо, но и мастера, делавшего макароны — по сути, это прозвище-профессия, аналогичное фамилии Макаронщик, но утратившее «-щик». Подобные случаи «стяжения» профессиональных прозвищ встречаются нечасто и делают фамилию ценной для лингвиста.

Стоит отметить, что в русской ономастике есть фамилия Макаров, образованная от имени Макар. Макарон — не её вариант. Суффикс -ов в Макарове указывает на принадлежность («сын Макара»), а в фамилии Макарон такого суффикса нет, что резко меняет этимологию. Путать эти две фамилии не стоит: у них разные корни, разная география и разное время возникновения. Фамилия Макарон — более поздняя по модели образования и гораздо более редкая.

В дореволюционных переписях она почти не встречается за пределами западных губерний. После 1917 года, с миграцией населения, отдельные носители фамилии могли появиться в Сибири и центральной России, но вплоть до середины XX века она оставалась локальной. Сейчас её можно встретить в России, Украине, Беларуси и среди потомков эмигрантов первой волны, осевших во Франции или США. Однако даже сегодня это редкая фамилия — её не найти в списках распространённых на уровне сотен тысяч человек.