Фамилия Махниногу — редкая и необычная по своему строению. В ней сразу читается нерусская модель: ударение, скорее всего, на последний слог, а финальное -у нехарактерно для восточнославянских фамилий. Скорее всего, перед нами фамилия молдавского или румынского происхождения, записанная в русской транскрипции.

Разберём её по частям. Основа «Махнин» образована от прозвища или имени Махна. В славянской среде «махна» — диалектное слово, означающее «мохнатый», «лохматый», «неопрятный» или «косматый». Такое прозвище могли дать человеку с густыми волосами, бородой или неряшливому. Однако в румынском языке существует слово «mahnă» (уныние, тоска) или личное имя Mahnu, что тоже могло лечь в основу.

Ключевая деталь — суффикс -ог/ -огул. В молдавских и румынских фамилиях этот формант указывает на принадлежность: «сын такого-то» или «выходец из рода». Фамилии на -ог (Mahnog, Mahnoga) встречаются в Молдове и на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области). Финальное -у в русской записи — это румынский определённый артикль: Mahnogi → Махниногу буквально означает «тот самый Махниног» или «Махниног-сын».

Таким образом, фамилия Махниногу — это румынизированная форма, которая закрепилась в документах при переселении носителей в Российскую империю. Предок носителя мог быть молдаванином или украинцем из Бессарабии, которого за лохматость или хмурый нрав прозвали Махна, а его потомков записали как «Махниногу» — «из рода Махны».

В русском языке фамилия стоит в застывшей форме, не склоняется по падежам (как и большинство фамилий на -у). Встретить её можно преимущественно в Молдове, Приднестровье и среди потомков бессарабских переселенцев в Краснодарском крае и Ростовской области.