Фамилия Макшуков — редкий пример, где разбор упирается не в прозвище или профессию, а в адаптацию иноязычного имени. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?»), остаётся основа Макшук. В ней легко угадывается тюркский корень, скорее всего из татарского или башкирского языков. Имя Макшут или Максют — это диалектный вариант популярного имени Максуд (от арабского «желанный», «цель»). Звук «с» в живой речи перешёл в «ш», а уменьшительный аффикс -ук/-ут дал форму Макшук. Значит, предок носителя фамилии был сыном человека по имени Макшут (Максуд).

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. Встречается она в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане и у оренбургских казаков. Это не случайно: многие татары и башкиры, принимая православие, сохраняли родовые имена, которые затем оформлялись русским суффиксом -ов. Так фамилия Макшуков могла появиться у крещёного татарина или у русского, чей предок носил тюркское прозвище.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «макша» (в некоторых говорах — «мешок», «мошна»). В этом случае Макшук означал бы человека с большим мешком или, в переносном смысле, скупого. Но против этой гипотезы говорит отсутствие устойчивого прозвища «Макшук» в русских актах и переписях, тогда как тюркский антропоним Макшут фиксируется в документах XVI–XVII веков.

Суффикс -ов указывает, что фамилия сформировалась не раньше середины XVI века, когда в России закрепилась патронимическая модель. Сословно Макшуковы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — например, казаками или толмачами (переводчиками), знавшими татарский язык. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах нет, что типично для фамилий из инородческой среды.