Фамилия Макшукова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Макшуков, образована от имени или прозвища Макшук. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда корень не очевиден на первый взгляд, и его происхождение стоит разобрать отдельно.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках слово «мак» (или «мах») может означать «большой», «старший», а «шук» — уменьшительный или ласкательный аффикс. В сочетании Макшук могло быть прозвищем старшего сына, уважаемого человека или даже именем, данным по какому-то внешнему признаку. Такие прозвища были распространены среди народов Поволжья, Приуралья и юга России, откуда фамилия могла попасть в русскую среду через смешанные браки или миграцию.

Менее вероятная, но допустимая версия — славянская. В некоторых говорах «макшук» могли называть человека, связанного с маком: либо торговца маком, либо того, кто его выращивал, либо просто любителя маковых булочек. Однако такая версия слабая, потому что суффикс -шук нехарактерен для русских прозвищ — он скорее указывает на иноязычное влияние.

Фамилия Макшукова не принадлежит к числу распространённых дворянских фамилий. Скорее всего, её носители были крестьянами или мещанами, жившими на южных или восточных окраинах России, где тюркские и славянские языки активно контактировали. В архивных записях эта фамилия встречается редко, что делает её особенно ценной для тех, кто пытается восстановить родословную по редким корням.

Если отталкиваться от модели образования, фамилия Макшуков (а значит, и Макшукова) — типичная русская патронимическая фамилия на -ов, но с нестандартной основой. Обычно такие фамилии закреплялись за потомками человека, которого в быту звали Макшук, и со временем потеряли связь с исходным прозвищем.