Фамилия Макшун — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось за века, превратившись в фамилию. Её основа — слово «макша», которое в южнорусских и украинских говорах имело несколько значений. Чаще всего «макшой» называли человека медлительного, вялого, «мокрого» — от глагола «макнуть», то есть погружать в воду, делать мокрым. Прозвище могло закрепиться за тем, кто работал с водой: рыбаком, лодочником, болотным жителем. Реже «макша» означала «рохля», «неповоротливый» — такое прозвище давали флегматичному, задумчивому человеку.

В фамилии Макшун мы видим суффикс -ун, который в русском языке образует имена деятелей (говорун, бегун, крикун). Но здесь он не указывает на активное действие, а закрепляет за прозвищем постоянный признак: Макшун — «тот, кто макша», носитель качества. Такая модель характерна для северных и восточнославянских фамилий, где прозвища на -ун часто становились фамилиями без дополнительных суффиксов, в отличие от стандартных -ов/-ев или -ин. Поэтому Макшун — это не переделанное имя, а прямое превращение прозвища в фамилию.

Стоит отметить, что фамилия Макшун почти не встречается в центральных областях России. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский край, а также Украина. Это указывает на возможную связь с казачьими территориями, где прозвища часто закреплялись как фамилии в XVI–XVII веках. В документах XVIII века фамилия фиксируется в слободских полках, что подтверждает её южнорусское происхождение.

Альтернативное объяснение — от тюркского корня «мак» (удар, бить) с уменьшительным суффиксом -шун, но эта версия маловероятна: для русской фамилии такая модель нетипична, а тюркское влияние на юге России было слабее, чем, например, татарское на востоке. Правдоподобнее считать Макшун исконно славянским прозвищем, которое говорило о характере или занятии предка.