Фамилия Малитиков — редкий случай, когда прозвище явно перешло в фамилию не через имя отца, а через отчество, образованное от женского имени. Основа здесь — Малита. Это разговорная, уменьшительная форма от женского имени Мелания (в просторечии Малания). Имя греческого происхождения, означает «чёрная», «тёмная». В русских деревнях его адаптировали: Малания, Маланья, а в некоторых говорах — Малита. Соответственно, Малитик — это «сын Малиты», то есть ребёнок женщины по имени Малита. Малитиков — уже буквально «чей?» — «принадлежащий роду Малитиков».

Модель образования нестандартна. Обычно фамилии на -ов образуют от мужских имён или прозвищ на твёрдый согласный (Иван — Иванов). Здесь же основа Малитик — это отчество, которое само по себе уже содержит суффикс принадлежности -ик (сравните: Кузьмич — Кузьмиков, Фомич — Фомиков). То есть цепочка: Малита → Малитик (сын) → Малитиков (внук). Такая конструкция — признак того, что фамилия складывалась в среде, где отчество на -ик было живым и употребительным, чаще всего в северных и центральных губерниях России.

По сути, фамилия Малитиков — это «внук Малиты». Женское имя в основе — не редкость для русских фамилий (сравните Марьин, Татьянин, Аннушкин), но здесь оно прошло через мужское отчество, что делает её более архаичной. Носитель такой фамилии в XVI–XVII веках, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, потому что у знати фамилии образовывали по другой схеме — от полных имён или от названий владений.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Кировской областям — там такие отчества на -ик встречались чаще. Встречается и вариант написания Молетников, но он вторичен и связан с аканьем (произношение «Малита» как «Малета»). Версия о связи с малороссийским «малитик» (маленький маляр) несостоятельна: слово не фиксируется в диалектах, а суффикс -иков в украинских фамилиях почти не встречается.