Фамилия Малыкбаев — редкий случай, когда тюркская основа и русский суффикс сплелись воедино, но с неожиданным поворотом. На первый взгляд всё прозрачно: корень «малык» (в тюркских языках — «скот», «имущество», «богатство»), суффикс -бай («богатый», «хозяин») и русский патронимический суффикс -ев. Получается «сын богатого скотом». Но есть нюанс.

Исходное имя или прозвище Малыкбай могло быть составным, где первая часть — не обязательно «мал» (скот). В казахском и башкирском языках слово «малык» иногда выступает как диалектный вариант «малай» — «мальчик», «парень», «работник». Тогда Малыкбай — это «богатый мальчик» или, наоборот, «богатый работник», что звучит парадоксально, но в именах такое встречается: прозвище могло быть шутливым или охранительным (чтобы злые духи не позарились на ребёнка).

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и к Башкортостану. Встречается и у киргизов, но реже. Суффикс -бай в составе фамилий — типичный показатель знатности или достатка у тюркских народов, но в русской записи он превратился в часть основы, к которой добавили уже русское окончание. Такая гибридная форма (тюркское имя + русский суффикс) характерна для фамилий, которые оформились в XIX — начале XX века, когда началась активная русификация документов.

Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Малыкба́ев, хотя в исходном имени Малыкба́й ударение могло быть на первый слог (Ма́лыкбай). Это говорит о том, что фамилия уже давно живёт по законам русского языка, а не тюркского.

Версия о происхождении от арабского «малик» (царь, владыка) маловероятна: в тюркских языках это слово дало бы форму Маликбаев, а не Малыкбаев. Твёрдое «ы» указывает именно на тюркский корень «мал» или «малык». Так что предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или людьми, чьё прозвище подчёркивало их хозяйское положение, пусть и с ироничным оттенком.