Фамилия Малыйкин образована от прозвища или имени Малыйка — уменьшительной формы от прилагательного «малый». В русской ономастике суффикс -ык- (или -ык-) не так распространён, как классические -к- или -ок-, но именно он в сочетании с окончанием -ин указывает на принадлежность: Малыйкин буквально значит «сын Малыйки» или «человек из семьи Малыйки». Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где активно использовались прозвищные формы на -ыка, -юка.

Основа «малый» в древнерусском языке имела широкий спектр значений: не только «небольшой по размеру», но и «младший», «незначительный по положению», «худой». Прозвище Малыйка мог получить младший сын в семье (по аналогии с Меньшик, Меньшой) либо человек невысокого роста. В некоторых говорах «малый» означало ещё и «подросток», «парень», так что прозвище могло закрепиться за молодым работником или холостяком.

Интересная деталь: в старых переписных книгах XVII века встречаются фамилии Малыгин, Малышев, Малыхин — все они одного корня, но Малыйкин стоит особняком из-за редкого суффикса. Если Малыгин чаще связывают с «малыга» (небольшой, юркий человек), то Малыйкин более прямолинейно указывает на признак «малый». Спорных версий, вроде связи с тюркскими корнями, для этой фамилии нет — основа чисто славянская и прозрачная.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-востоку Европейской России. В дореволюционных метриках Малыйкины чаще всего записаны как крестьяне или мещане. Сословных перегородок фамилия не перешагивала — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сейчас носители встречаются рассеянно, без ярко выраженного ареала, что типично для фамилий, не попавших в крупные купеческие или служилые кланы.

Написание фамилии устойчивое: Малыйкин, с буквой «ы» в корне и суффиксом -ын. Вариант Малыкин (через «и») — результат орфографической ошибки или упрощения, но исходная форма именно с «ы», что подчёркивает диалектное произношение.