Фамилия Мамакин образована от прозвища или имени Мамака. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Мамай — так могли назвать ребёнка в память о нашествии хана Мамая или просто как охранительное имя, чтобы злые силы «не позарились» на человека с грозным прозвищем. Уменьшительная форма Мамака возникла по той же модели, что и Ваняка, Петряка: суффикс -к- придавал имени оттенок просторечной ласки. Таким образом, Мамакин — «сын Мамаки», то есть потомок человека, носившего такое прозвище.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? Мамакин. Эта модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В центральных и северных губерниях России такие фамилии встречались чаще, чем на юге, где предпочитали суффикс -ов. Поэтому географически Мамакины могли быть родом из-под Москвы, Твери, Владимира или из северных областей.

Вторую, менее вероятную версию связывают с тюркским словом «мамак» — в некоторых диалектах так называли мать или кормилицу. Однако в русской ономастике эта гипотеза слабая: фамилия Мамакин не фиксируется в татарских или башкирских родах, а её основа легко объясняется славянским прозвищным именем. Скорее всего, перед нами чисто русская фамилия с понятной словообразовательной историей.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, но встречается в разных регионах России — от Псковской области до Сибири. Сословной привязки нет: Мамакиным мог быть и крестьянин, и посадский человек, и дворянин, если фамилия закрепилась рано. Точных сведений о древних носителях не сохранилось, но по модели образования ясно: предок нынешних Мамакиных жил в XV–XVII веках и носил прозвище Мамака, которое со временем стало фамильным.