Фамилия Мамакина образована от мужской формы Мамакин, и сразу бросается в глаза её суффикс. В русских фамилиях суффикс -ин почти всегда указывает на принадлежность: «чей?» — мамин, папин, Мамакин. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Мамака, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей сын?» — сын Мамаки.

Что такое Мамака? Самая очевидная версия — уменьшительно-ласкательная форма от имени Мамант (редкое каноническое имя греческого происхождения, означающее «сосущий грудь»). В народе Маманта звали Мамонтом, а в бытовой речи легко могли сократить до Мамаки. Менее вероятно, но тоже возможно: прозвище Мамака могли дать человеку с мягким, «материнским» характером или тому, кто постоянно поминал мать. Третья версия — от тюркского слова «мамак» (хлопок, вата) — выглядит натянутой для центральной России, хотя полностью исключать её нельзя: фамилия могла возникнуть и в южных регионах, где контакт с тюркскими языками был плотнее.

Словообразовательная модель проста: основа Мамак- плюс притяжательный суффикс -ин. Это типичная «полуотчество»: так образовывали фамилии от обиходных имён и прозвищ в XVI–XVII веках, особенно в крестьянской и посадской среде. Фамилия Мамакин — нередкий случай, когда за основу взяли не полное крестильное имя, а его домашний, уличный вариант.

География фамилии показывает, что Мамакины встречаются в основном в центральных и северных областях России: в Вологодской, Архангельской, Кировской, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает версию с русским народным именем Мамант — в этих местах имя было в ходу. Встречается и вариант Мамакина, но это та же фамилия в женском роде, закреплённая за женщиной в документах.

Сословная принадлежность у Мамакиных неоднородна: среди носителей были и крестьяне, и мещане, и даже купцы. В архивных записях XIX века можно найти Мамакиных среди государственных крестьян Вятской губернии — типичные жители села, носившие фамилию, которая тянулась от деда-Мамаки. Никаких громких исторических фигур с этой фамилией не известно, что для массовых русских фамилий скорее норма, чем редкость: они жили своей обычной жизнью, и фамилия просто фиксировала родство.