Фамилия Мамуркин — один из тех случаев, где корень уводит прямиком в диалектную лексику. В основе лежит слово «мамурка» или «мамура». В разных говорах так называли невысокую, полную женщину, а также — что важнее для этимологии — сладкую лесную ягоду, известную как костяника или поленика. Если отталкиваться от ягодного значения, прозвище Мамурка мог получить сборщик ягод, торговец ими или просто человек, любивший это лакомство. Однако куда вероятнее, что прозвище носило бытовой, характерологический оттенок: так в крестьянской среде могли называть человека невысокого роста и плотного телосложения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мамуркин буквально значит «сын или потомок Мамурки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный) и -ев (от мягких основ), -ин чётко маркирует прозвищную или уменьшительную основу.

Географически фамилия привязана к северным и центральным областям России: Вологодская, Архангельская, Костромская губернии. Именно там слово «мамура» в значении «ягода» было в ходу, и именно там фамилия встречается чаще всего. В южных говорах «мамура» могла означать «неряха» или «разиня», что даёт альтернативную, но менее убедительную версию: прозвище могло закрепиться за неопрятным человеком. Спор здесь решается просто: ягодная версия подтверждается словарями народных говоров и ономастическими работами, например, исследованиями Б. Унбегауна, который указывал на связь многих русских фамилий с диалектными названиями растений и плодов.

Фамилия редкая, не получила широкого распространения за пределами указанных регионов. Встречаются также однокоренные варианты Мамуров и Мамурин, но Мамуркин — самая характерная форма, сохранившая уменьшительный суффикс -к-, который в прозвищах часто придавал оттенок фамильярности или принадлежности к младшему поколению. Никакого отношения к тюркским или иным иноязычным корням фамилия не имеет — это чисто русское диалектное образование.