Фамилия Манаенков — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается сразу две возможные истории происхождения. Первая и наиболее вероятная отсылает к церковному имени Мануил (Иммануил). В просторечии его сократили до формы Манай — так на Руси называли мальчиков, не мудрствуя с полным вариантом. Имя это древнееврейского происхождения, в греческом переводе оно означает «с нами Бог», что придавало ему особый вес в православной среде. Фамилии на -енков характерны для южнорусских и украинских земель, где суффикс указывал на принадлежность: Манаенков — буквально «сын Маная» или его потомок.

Есть и вторая версия, более прозаичная. Она выводит фамилию из украинского слова «мана» — наваждение, обман, морок. В таком случае Манаем могли прозвать человека слабохарактерного, легко поддающегося соблазнам или, напротив, того, кто сам «наводил мару» — морочил голову окружающим. Эта гипотеза менее популярна у ономастов, поскольку прозвищная основа «мана» встречается в фамилиях реже, чем производные от крестильных имён.

Обратите внимание на суффикс -енков. Он типичен для фамилий, возникших в зоне влияния украинского языка (сравните с великорусским -ов/-ев). Если бы фамилия закрепилась в северных или центральных областях России, мы бы скорее увидели форму Манаев. А Манаенков чётко указывает на южное происхождение рода — скорее всего, из Курской, Орловской, Воронежской губерний или с территории современной Украины.

В написании фамилии нет разночтений: двойное «н» — результат слияния корня Манай с суффиксом -енков (Манай + енков = Манаенков). Встречающийся изредка вариант Манаенков с одним «н» — скорее всего, опечатка или позднее упрощение.

Таким образом, в основе фамилии лежит либо имя с высокой религиозной символикой, либо бытовое прозвище. Первая версия подкрепляется массовостью имён Мануил/Манай в крестьянской среде, вторая остаётся на уровне гипотезы.