Манай — просторечная форма мужского крестильного имени Мануил (Иммануил). Это имя в переводе с греческого означает «с нами Бог». Согласно другой гипотезе, фамилия Манаенков образована от прозвища Манай, которое связано с украинским словом «мана» - «наваждение». В таком случае Манаем могли называть человека, не способного устоять перед соблазнами. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манай, со временем получил фамилию Манаенков.