Фамилия Манаеко — редкий случай, когда написание сразу подсказывает, где искать её корни. Характерный финал -еко, а не -енко, указывает на юго-западные земли бывшей Российской империи, а именно на территорию современной Беларуси. В белорусской ономастике суффикс -еко — это местный вариант общевосточнославянского -енко, который в украинском языке дал бы форму Манаенко. Такое чередование «н» и «е» в суффиксе — верный признак белорусского или западноукраинского происхождения фамилии.

Основа фамилии — Манай. Это либо форма крестильного имени, либо прозвище. За основу могли взять каноническое имя Мануил (в просторечии — Мануйло), которое через сокращение до Манай дало фамилию. В этом случае Манай — уменьшительная форма, как Ивай от Иван или Минай от Мина. Вторая, не менее вероятная версия, — прозвище от диалектного глагола «манать» или «манить», что в некоторых говорах означало «обманывать», «хитрить», «приманивать». Тогда Манаем называли человека изворотливого, умеющего уговорить или провести.

Словообразовательная модель проста: к основе Манай добавили патронимический суффикс -еко, который в белорусской традиции означал «сын Маная», «потомок Маная». Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном или внуком человека по прозвищу или имени Манай. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и в дореволюционных документах её носителей стоит искать среди податных сословий западных губерний — Могилёвской, Витебской, Минской.

Спор о том, что первично — имя или прозвище — решается в пользу прозвища. Имя Мануил было распространено, но его уменьшительная форма Манай встречается редко и в основном в южнорусских говорах. А вот прозвище от «манить» — живое, бытовое, которое легко могло закрепиться за человеком. Поэтому правдоподобнее, что предок носителя фамилии Манаеко был не просто сыном некоего Маная, а сыном человека, которого в округе знали как хитрого или льстивого.

В написании фамилии возможна вариантность: в старых метрических книгах вы можете встретить Манаенко, Манайко, а также Манаека (с ударением на последний слог). Современная форма Манаеко с ударением на «е» — результат адаптации фамилии к русскому литературному произношению.