Фамилия Манаеков принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. В основе лежит слово «манаек» — так в ряде южнорусских и украинских говоров называли манок, то есть приманку для птиц или зверей, либо сам процесс подманивания. Прозвище Манаек мог получить человек, который занимался охотой с манком, умел подзывать дичь, или же хитрец, умевший «заманивать» людей.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «мана» — «верблюд» или «крупный скот», однако для фамилии Манаеков такая этимология спорна: суффикс -ек скорее указывает на уменьшительно-ласкательную форму в славянской среде. Учитывая ареал бытования фамилии (она встречается в Поволжье и на Урале), не исключено, что основа могла быть заимствована из местных диалектов, где «манаек» означало «лентяй» или «вялый человек» — в этом случае прозвище отражало характер.

Обратите внимание на морфологию: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Манаеков буквально — «сын Манаека». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку в среде высшего сословия такие прозвищные основы не фиксируются. Наиболее вероятная версия: предок носителя фамилии был охотником, птицеловом или человеком с прозвищем Манаек, данным за манеру речи или поведения.

В документах фамилия встречается с XIX века, в основном в записях о крестьянах Самарской и Оренбургской губерний. Носителей с известной исторической биографией не выявлено, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.