Фамилия Манаенковы (в мужском варианте — Манаенков) образована от имени или прозвища Манай с помощью суффикса -енков. Это типичная модель для фамилий центральной России и юга, где суффикс -енков (вместо северного -енков, но с тем же значением) указывал на принадлежность: «сын Маная» или «потомок Маная».

Самая очевидная основа фамилии — крестильное имя Мануил, точнее, его просторечная форма Манай. Церковное имя Мануил восходит к древнееврейскому Иммануил, что значит «с нами Бог». В быту имя сокращали и переделывали: Мануил превращался в Мана, Маню, а затем и в Маная. Так что первые Манаенковы — это потомки человека по имени Манай (Мануил).

Есть и другая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований. В украинском и южнорусских говорах слово «мана» означает «наваждение», «обман», «морок». Отсюда прозвище Манай могли дать человеку с причудами, мечтательному или тому, кто легко поддавался соблазнам. В таком случае фамилия пошла не от церковного имени, а от мирского прозвища, что тоже часто встречается в русской ономастике. Какая из версий верна для конкретного рода, без генеалогических изысканий не скажешь, но имя Мануил как источник выглядит надёжнее: прозвище Манай могло закрепиться как уменьшительное от него, а уже потом осмыслилось как самостоятельное.

Суффикс -енков (а не -ов или -ин) — важная деталь. В русских фамилиях он характерен для потомков по мужской линии, но не столько для боярских и дворянских родов, сколько для крестьянских и мещанских, особенно в южных уездах России. Манаенковы — скорее всего, выходцы из крестьянской или служилой среды, где фамилии оформились позже, в XVII–XIX веках, когда патронимы на -енков стали вытеснять старые формы. Точную географию фамилии установить непросто, но носители её встречаются по всей России, с заметным сгущением в Тульской, Рязанской и Липецкой областях — как раз в зоне распространения фамилий на -енков.

В написании фамилии возможны варианты: Манаенков и Манаенков, но с одним «н» — основная литературная норма. Двойное «нн» (Манаеннков) — ошибка, связанная с ложной аналогией на фамилии вроде Кононенков.