Фамилия Манаенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Манаенков послужило церковное имя Иммануил. Манай — просторечная форма мужского крестильного имени Мануил (Иммануил). Это имя в переводе с греческого означает «с нами Бог». Согласно другой гипотезе, фамилия Манаенков образована от прозвища Манай, которое связано с украинским словом «мана» - «наваждение». В таком случае Манаем могли называть человека, не способного устоять перед соблазнами. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манай, со временем получил фамилию Манаенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Манаенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Манаенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.