Фамилия Манчур — одна из тех, где интуитивное толкование чаще всего ошибочно. На первый взгляд кажется, что её основа связана с исторической областью Маньчжурия или народом маньчжуров. Однако для русской фамильной модели это маловероятно: прямое заимствование этнонима в качестве прозвища встречалось редко, а суффикс -ур нехарактерен для фамилий, образованных от географических названий.

Намного правдоподобнее версия, что в основе лежит не этноним, а древнерусское или диалектное слово «манчур». В говорах Русского Севера и Сибири так называли неуклюжего, нерасторопного или ворчливого человека. Слово могло звучать как «манчура» или «манчур» и имело явно прозвищный характер. Суффикс -ур в русских прозвищах встречается (ср. «михрютка», «чудила»), и он придаёт основе оттенок пренебрежения или насмешки. Таким образом, родоначальник Манчур получил фамилию по своей характерной черте — медлительности или угрюмости, которую подметили окружающие.

Второй, менее распространённый вариант — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «манчур» или «манчур» означает «слабый», «хилый» или, наоборот, «воинственный» в зависимости от диалекта. В таком случае фамилия могла возникнуть у крещёных татар или башкир, перешедших в русскую среду. Но для центральной России эта версия уступает первой: фамилия Манчур встречается преимущественно в северных и сибирских регионах, где русские говоры богаты на подобные прозвища.

Фамилия закрепилась в форме без суффикса -ов/-ев, что указывает на её относительно позднее оформление или на то, что она происходит напрямую от прозвища, а не от имени отца. Встречаются варианты Манчуров и Манчурин, но Манчур — самая архаичная и прямая форма, сохранившая исходное прозвище в чистом виде.