Фамилия Манькута — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт географию. Окончание -а в фамилиях такого типа (Манькута, Скрыпник, Дериземля) — характерная черта украинской ономастики, особенно западных и центральных областей. В русской традиции фамилии на -а, как правило, женские (Манькутина), а здесь перед нами мужская фамилия, застывшая в форме именительного падежа единственного числа. Это так называемые «фамилии-прозвища», не тронутые суффиксами принадлежности -ов или -ин.

Основа фамилии — Манькут. Самый прямой путь к её значению лежит через украинское слово «манькут» или «манькута», которое в диалектах означает «медлительный, нерасторопный человек», «копуша». В некоторых говорах так могли назвать и того, кто делает всё нехотя, через силу. Прозвище, скорее всего, дали по характеру: первый носитель фамилии получил его от окружающих не в обиду, а как бытовую примету.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В польском и белорусском языках «манька» — это уменьшительное от имени Эмануил (Мануил). Суффикс -ут в славянских прозвищных именах (как в фамилиях Манько, Маньковский) мог добавляться для усиления: Манькута — «сын или потомок Маньки», то есть Эмануила. Однако эта версия слабее: прозвищные имена на -ут в украинской среде встречаются, но редко, и обычно они указывают на физический недостаток или особенность поведения.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения за пределами Украины. В российских переписях XIX века она почти не встречается, что подтверждает её локальный характер. Сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьянство или казачество, так как фамилии такого типа редко фиксировались у дворян.

Если сравнивать с однокоренными, то Манькута стоит в одном ряду с фамилиями Манько, Маньковский, Маньков. Но если Манько — это просто уменьшительное от имени, то Манькута сохранила экспрессивную, чуть пренебрежительную окраску прозвища. В современном языке фамилия звучит архаично, но именно это делает её ценной для историка: она донесла до нас живую диалектную речь украинских сёл.