Фамилия Манулычева — редкий случай, когда в основе лежит не имя святого и не профессия, а, скорее всего, прозвище, данное по дикой кошке. Всё дело в корне «манул»: так называют степного кота, занесённого в Красную книгу. Если предок получил прозвище Манул, то поводы могли быть разными — от внешнего сходства (круглая голова, густые бакенбарды, тяжёлый взгляд) до особенностей характера: манул известен нелюдимостью, осторожностью и даже некоторой угрюмостью. Вероятнее всего, прозвище дали не в насмешку, а как меткую характеристику — человек держался особняком, был медлителен или обладал приметной внешностью.

Слово «манул» пришло в русский язык из тюркских наречий, предположительно из монгольского или казахского. Это означает, что фамилия Манулычева имеет восточные корни и могла возникнуть в регионах, где водится этот зверь, — в степях Забайкалья, Алтая, в Средней Азии. Однако, учитывая, что фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов- и окончанием -а, её носители — обрусевшие потомки тех, кто жил на границе с кочевыми народами или перенял прозвище от местных жителей.

Суффикс -ычев указывает на принадлежность: Манулычев — сын Манулыча, а Манулыч — вариант отчества или прозвища, образованного от Манул. Такая словообразовательная цепочка (Манул → Манулыч → Манулычев) встречается реже, чем прямое «Манулов», и говорит о том, что прозвище закрепилось в роду как минимум на два поколения раньше, чем фамилия. Это не случайная кличка, а устоявшееся семейное именование.

В официальных документах фамилия почти не встречается, что подтверждает её редкость. В отличие от более частых «звериных» фамилий (Волков, Лисицын, Зайцев), Манулычева не попала в массовые списки, потому что слово «манул» долго оставалось диалектным и малоизвестным за пределами Сибири и Центральной Азии. Носители фамилии, скорее всего, происходят из небольшого числа семей, живших в приграничных или степных районах, где манул был не экзотикой, а частью местной фауны.

Единственная альтернативная версия — связь с личным именем Мануил (Манойло), но она фонетически натянута: переход «Мануил» в «Манул» возможен, но крайне маловероятен для русской ономастики, где от имени Манойло обычно образовывали фамилии Манойлов, Манохин, Манылов. Версия с животным выглядит и проще, и убедительнее.