Фамилия Мардареев — редкий случай, когда основа явно указывает на происхождение из восточной или южной традиции, а русский суффикс «-ев» превращает её в привычную для уха фамилию.

В основе лежит имя Мардарий (греч. Mardarios) или его краткая форма Мардарь. Это имя восходит к греческому слову «мардара» — «гнилой, испорченный». Звучит нелестно, но в ономастике это типичная охранительная практика: таким именем родители пытались «обмануть» злых духов, показав, что ребёнок не представляет ценности, чтобы его не сглазили и не забрали. Аналог — русские имена Некрас, Нелюб, Горемыка.

Вторая, менее вероятная версия — от тюркского «мардар» (позор, бесчестье). Но в русских документах фамилия встречается в южнорусских и казачьих областях, где имя Мардар (Мардарий) фиксировалось в святцах. Православная церковь почитает мученика Мардария, что делает греческую версию основной.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Мардареев — «сын Мардария» (или Мардаря). В отличие от фамилий на «-ин», которые образовывались от основ на «-а/-я» (Мардарин), здесь мы видим форму, типичную для имён, оканчивающихся на мягкий согласный. Если бы исходное имя звучало как Мардар (твёрдое окончание), фамилия была бы Мардаров.

Фамилия крайне редкая. Встречается в основном в Ростовской области, Краснодарском крае и на востоке Украины — в тех регионах, где смешивались русские, украинские и греческие переселенцы. В дореволюционных метрических книгах Мардареевы записаны как крестьяне и мещане, без указания на дворянство. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простых людей, чьи предки носили охранительное имя Мардарий.