Фамилия Мардарьева — это женская форма, а мужская — Мардарьев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мардáрьев. Она образована по самой распространённой в русском языке модели с суффиксом -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». В данном случае основа — Мардарь.

Здесь сразу возникает вопрос: что за имя или прозвище Мардарь? Самая вероятная версия — это народная, разговорная форма церковного имени Мардарий. Имя это греческого происхождения (Μαρδάριος) и восходит к слову «мардарий» — так в древности называли жителя области Мард (в Малой Азии) или человека, посвящённого богине Иштар (Марде). В святцах имя Мардарий встречается редко, но в быту, особенно в крестьянской среде, его могли упрощать: отбрасывать окончание -ий и добавлять мягкий знак, получая Мардарь. Точно так же из Илария получался Иларь, из Исидора — Сидор, а из Мардария — Мардарь.

Фамилии на -ев от полных и уменьшительных форм крестильных имён — классика русского ономастикона. Мардарьев буквально означает «сын Мардаря», то есть потомок человека, носившего это имя в миру. Встретить такую фамилию можно было в среде духовенства (где часто давали редкие церковные имена) и среди крестьян, особенно на юге России и в Черноземье. В документах XVIII–XIX веков фамилия Мардарьев (и её варианты) фиксируется, например, в Курской и Воронежской губерниях — там, где имя Мардарий было в ходу у священников и прихожан.

Есть и более редкая, но возможная версия: от прозвища Мардарь. В южных говорах «марда» или «мардарь» могло означать что-то вроде «неряха» или «разиня» (сравните с украинским «марда» — грязь, нечистоты). Однако эта гипотеза слабее: имя Мардарий пусть и нечасто, но реально встречается в святцах, а прозвищная версия не подкреплена устойчивой диалектной традицией. Поэтому основная и самая правдоподобная — происхождение от канонического имени через его разговорную форму.

Фамилия редкая. Её носители, скорее всего, потомки одного или нескольких родов, связанных с церковной средой или старыми крестьянскими семьями, где хранили память о редком имени.