Фамилия Маргарита — редкий случай, когда женское имя стало основой для фамилии, причем почти без изменений. В русской традиции фамилии на -а, -я обычно заканчиваются на -ин, если основа оканчивается на -а: Маргаритин. Но здесь мы видим чистую форму имени Маргарита, что выдает нерусское происхождение или позднее, книжное оформление.

Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде духовенства или в дворянских родах, где был принят обычай давать фамилии по именам святых. Имя Маргарита — латинского происхождения, означает «жемчужина». В православных святцах это имя появляется поздно, но почитается святая Маргарита Антиохийская. Семинаристу или священнику могли дать фамилию Маргаритов (более распространенный вариант), а Маргарита — это либо его женская форма (вдова или дочь священника получила прозвище по отцу), либо фамилия, зафиксированная в украинских или белорусских землях, где суффиксация была менее строгой.

Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Маргарита, данного мужчине, например, за нежный характер, любовь к драгоценностям или за то, что его так называли в шутку. Но это маловероятно: в крестьянской среде женское имя для мужчины было бы обидным прозвищем, а не основой для фамилии.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые покрывают большинство русского населения, Маргарита — штучный товар. Встречается она в основном в южных регионах России и на Украине, а также среди потомков духовенства. Унбегаун в своем словаре упоминает фамилию Маргаритов как типичную семинарскую, а Маргарита — это, по сути, её усеченный или народный вариант, который мог закрепиться при переписи как самостоятельная фамилия.