Фамилия Маргарити звучит необычно для русского уха, и это подсказка: перед нами, скорее всего, не исконно русская, а принесённая извне фамилия. Её основа — женское имя Маргарита, которое восходит к греческому «маргаритес» (μαργαρίτης) — «жемчужина». В христианском мире имя получило широкое распространение благодаря святой Маргарите Антиохийской. Однако русская модель образования фамилий от полных женских имён (вроде Марьин, Татьянин) дала бы форму Маргаритин, а не Маргарити.

Ключ к происхождению — в окончании -и. В русском языке оно почти не встречается в исконных фамилиях, зато типично для фамилий греческого происхождения. Выходцы из Греции, которые селились на юге Российской империи (Одесса, Таганрог, Крым), нередко сохраняли фамилии в форме родительного падежа единственного числа: Пападопуло, Христофоров, но и Маргарити. В греческом варианте фамилия могла означать «сын Маргариты» или просто «Маргаритов», то есть принадлежащий женщине по имени Маргарита. Другая, менее вероятная, но возможная версия — итальянизированная форма той же основы: в итальянском Margheriti — множественное число от Margherita, то есть «семья Маргариты». Итальянские купцы и мастера тоже оседали в портовых городах Новороссии.

Таким образом, носитель фамилии Маргарити, скорее всего, потомок греческого или итало-греческого переселенца. В России эта фамилия остаётся редкой, географически привязанной к южным регионам. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, она не крестьянская и не дворянская по происхождению — это фамилия городского, торгового или ремесленного сословия, которую принесли в Россию иностранные специалисты и купцы в XVIII–XIX веках.