Фамилия Маргаритова — редкий пример, где за основу взято не имя и не прозвище, а название богословского сборника. Её корень восходит к греческому слову «маргаритис» — жемчуг. В христианской традиции жемчуг символизирует чистоту, непорочное зачатие и духовную доблесть, а также Слово Божие и Евангелие.

Именно это слово дало имя византийскому и древнерусскому сборнику поучений Иоанна Златоуста — «Маргарит». Книга не имела строго определённого состава: в разных списках встречались разные беседы. В наиболее полных греческих рукописях число Слов достигало 70–80, а в славянских обычно помещалось около 20. В древнерусских списках чаще всего встречаются шесть Слов «О непостижимом» (против аномеев), шесть слов на иудеев, шесть Слов «О серафимах», пять Слов «О богатом и Лазаре» и три Слова «О Давиде и Сауле» и «О Иове». Старейшие русские рукописи восходят к южнославянским, поскольку перевод этих сочинений выполнили болгары в XIV веке.

Фамилия Маргаритова, скорее всего, искусственного происхождения — её давали в духовных училищах и семинариях. Талантливого ученика, хорошо знавшего книгу «Маргарит» и отличавшегося успехами в богословии, могли наградить звучной фамилией по названию сборника. Женская форма фамилии указывает, что носительница — женщина, тогда как мужской вариант — Маргаритов.

Среди известных однофамильцев — Сергей Дмитриевич Маргаритов, богослов, выпускник Московской духовной академии. Он напечатал труды «Лютеранское учение в его историческом развитии при жизни Мартина Лютера» и «История русских мистических и рационалистических сект». Это подтверждает, что фамилия прочно связана с духовной средой и книжной образованностью.