Фамилия Маргаритов — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя или прозвище, а название книги. А точнее — греческое слово «маргаритис», то есть «жемчуг». От него получил имя византийский сборник поучений Иоанна Златоуста — «Маргарит». Жемчуг в христианской традиции символизировал чистоту и евангельское слово, поэтому и книгу назвали так же метафорически.

Скорее всего, фамилия Маргаритов — искусственная, семинарская. В духовных училищах и академиях ученикам нередко давали фамилии по названиям богослужебных книг, праздников или церковных понятий. Семинарист, отлично знавший «Маргарит» или просто выделявшийся прилежанием, мог получить такую фамилию при поступлении. Это объясняет и её книжный, а не бытовой характер, и окончание -ов, типичное для русских фамилий, образованных от существительных.

Сам сборник «Маргарит» не имел строгого состава. В греческих списках число бесед Иоанна Златоуста доходило до 70–80, в славянских — обычно около 20. В древнерусских рукописях чаще всего встречались шесть Слов «О непостижимом», шесть слов на иудеев, шесть Слов «О серафимах», пять Слов «О богатом и Лазаре», три Слова «О Давиде и Сауле» и три Слова «О Иове». Перевод сделали болгары в XIV веке, а старейшие русские рукописи восходят к южнославянским оригиналам.

Среди реальных носителей фамилии — богослов Сергей Дмитриевич Маргаритов, выпускник Московской духовной академии. Он известен трудами «Лютеранское учение в его историческом развитии при жизни Мартина Лютера» и «История русских мистических и рационалистических сект». Его биография подтверждает связь фамилии с духовной средой.

Если же отвлечься от семинарской версии, существует и более простая: фамилия могла возникнуть от прозвища Маргарит, данного человеку с жемчужными зубами, светлыми волосами или просто любившему жемчуг. Но в случае с Маргаритовым книжное происхождение выглядит убедительнее — слишком специфична основа, не встречающаяся в народных именах.