Фамилия Маргаритина — одна из тех, что сразу бросаются в глаза своей редкой и почти литературной основой. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от мирских имён или профессий, эта напрямую связана с женским крестильным именем Маргарита. В переводе с латыни и греческого это имя означает «жемчужина», и в христианской традиции оно ассоциируется с образом святой Маргариты Антиохийской. Однако в русском быту до XIX века имя Маргарита встречалось нечасто — в основном в дворянской или городской среде, что сразу сужает круг возможных предков.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. В классической русской системе фамилий на -ин и -ов отвечали на вопрос «чей?». Маргаритина буквально значит «дочь или жена Маргариты». Это так называемая «матринимическая» фамилия — образованная от женского имени. Такое встречается реже, чем отчества от мужских имён, но не является исключением. Обычно матринимические фамилии возникали в ситуациях, когда мать играла ключевую роль в воспитании, была вдовой или происходила из более знатного рода, либо когда отец был неизвестен. В случае с Маргаритиной возможна и другая версия: основой могло стать уменьшительное прозвище Маргарита, данное мужчине (например, за нежный нрав или внешнее сходство с «жемчужиной»), но это менее вероятно, так как прозвища от женских имён у мужчин в крестьянской среде — большая редкость.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, но нигде не образует плотных гнёзд. В дореволюционных метрических книгах Маргаритины изредка встречаются среди мещан и купцов — сословий, где женские имена чаще фиксировались в официальных документах и передавались по наследству. В крестьянской среде, где преобладали патронимические фамилии от мужских имён (Иванов, Петров), Маргаритина — явный признак городского или полугородского происхождения.

Стоит отметить, что фамилия не подверглась типичным искажениям. В ней нет диалектных черт вроде замены «а» на «о» или редукции окончаний — написание остаётся книжным, литературным. Это ещё один аргумент в пользу того, что её носители были грамотными людьми, имевшими дело с документами. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Маргаритов, Маргариткин, — то Маргаритина стоит особняком: она сохранила полную форму имени, без уменьшительных суффиксов, что говорит о формальном, а не бытовом происхождении. Вероятнее всего, первый носитель этой фамилии был записан в ревизскую сказку или церковную книгу именно как «Маргаритин сын» или «Маргаритина дочь» — то есть фамилия закрепилась в официальном порядке, а не через уличное прозвище.