Фамилия Маргашли — редкая и нестандартная для русского слуха. Её форма сразу выдаёт нерусское происхождение: в русском языке суффикс -ли (-лы) в фамилиях не встречается. Это типичный тюркский или кавказский формант, который входит в состав фамилий, образованных от прозвищ или профессий. Вероятнее всего, фамилия Маргашли имеет азербайджанские, турецкие или крымскотатарские корни.

Основа фамилии — «Маргаш» или «Маргашлы». В тюркских языках суффикс -лы/-ли указывает на принадлежность к местности или на обладание признаком (например, «бакинлы» — житель Баку). Таким образом, Маргашли может означать «родом из Маргаша» или «относящийся к Маргашу». Маргаш — это, скорее всего, топоним: так могло называться селение, аул или местность в Закавказье или Малой Азии. В османской историографии встречается название Маргаш как вариант передачи турецкого города Мараш (современный Кахраманмараш), но это лишь одна из версий.

Вторая версия — от тюркского личного имени или прозвища. «Мар» в тюркских языках может означать «змея» (в некоторых диалектах), а «гаш» — «бровь» или «ресница». Тогда прозвище Маргаш могло характеризовать внешность человека (например, «змеевидные брови») или его характер. Суффикс -ли в таком случае превращает прозвище в фамилию: «тот, кто имеет признак Маргаша». Эта версия менее надёжна, но не исключена, учитывая склонность тюркской антропонимии к образным прозвищам.

Русская огласовка фамилии — Маргашли (с ударением, скорее всего, на последний слог) — результат адаптации через письменные источники XIX–XX веков. В метрических книгах и переписях такие фамилии могли фиксироваться по-разному: Маргашлы, Маргашели, Маргашев. Носители фамилии в России встречаются редко, преимущественно на Северном Кавказе, в Ставропольском крае и в городах с диаспорами выходцев из Азербайджана. Сословная принадлежность предков неясна — это могли быть как крестьяне, так и ремесленники или торговцы из числа тюркоязычных народов.