Фамилия Маргайлик звучит необычно для русского уха, и это не случайно. В ней явно читается западнославянский или балканский след, а точнее — украинская или польская модель образования. Суффикс -ик (в украинском варианте часто -лик) указывает на уменьшительно-ласкательную форму. Фамилии на -ик особенно распространены в Западной Украине и в юго-восточной Польше, где они означали «сын такого-то» или «маленький, младший носитель прозвища».

Основа фамилии — «маргай». В украинском и польском языках это слово имеет два значения, и оба ведут к прозвищу. Первое, самое прямое: «маргай» — это степная кошка, дикий кот (Felis silvestris или Felis margarita). Второе, диалектное: на западе Украины «маргай» могли называть неопрятного, взлохмаченного человека или, наоборот, хитрого, изворотливого, «как кот». Таким образом, прозвище Маргай (а Маргайлик — его уменьшительная форма) могли дать либо за внешнее сходство с диким зверьком — например, за пушистые брови или диковатый взгляд, — либо за характер: хитрец, себе на уме.

Версия о связи с немецким или еврейским именем Маргарита (Марго) маловероятна. Суффикс -ик в таком случае дал бы форму Маргаритик, а не Маргайлик. Фонетическая редукция «ри» в «ай» для славянских говоров нехарактерна. Куда правдоподобнее, что перед нами чисто прозвищная фамилия, возникшая в крестьянской или казацкой среде на территории современной Западной Украины или Подляшья.

Сословно носители фамилии Маргайлик, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Дворянские фамилии на -ик в Речи Посполитой встречались, но обычно они образовывались от имен (Василик, Павлик), а не от прозвищ животных. Социальный потолок такого прозвища — простой, но меткий.

В написании фамилия устойчива: Маргайлик, без вариантов вроде Маргайликов или Маргайлика — последнее было бы родительным падежом. Ударение, по аналогии с украинскими фамилиями, падает на последний слог: Маргайли́к. В русском языке его часто смещают на второй слог (Марга́йлик), но исходная форма — с ударением на суффикс.