Фамилия Маргиани звучит для русского уха необычно, и это не случайно: перед нами типичная грузинская фамилия. Её основа — «Маргиан» — восходит к греческому названию исторической области Маргиана (лат. Margiana), располагавшейся на территории современных Туркменистана и Узбекистана, в долине реки Мургаб. В древности эта область была известна как сатрапия Ахеменидской империи, а её столицей был город Мерв.

Словообразовательная модель Маргиани прозрачна для грузинской ономастики. Суффикс -ани (-ანი) — один из самых распространённых в грузинских фамилиях, особенно в восточной Грузии (Кахетия, Картли). Он указывает на принадлежность к роду или местности. Таким образом, Маргиани буквально означает «из Маргианы» или «относящийся к Маргиане». Это не фамилия, образованная от личного имени или прозвища, а топонимическая — указывающая на происхождение рода из определённого региона.

Скорее всего, предки носителей фамилии Маргиани были выходцами из Маргианы, которые переселились в Грузию. Такие миграции могли происходить в разные исторические периоды, например, в эпоху торговых связей вдоль Шёлкового пути или в результате военных походов. В Грузии фамилия закрепилась за определённым родом, и со временем её первоначальный географический смысл стёрся, став родовым именем.

Стоит отличать Маргиани от похожих грузинских фамилий с суффиксом -ани, таких как Маргвелашвили или Маргишвили. Последние образованы от грузинского корня «марг» (борьба, война) и имеют другую этимологию. Маргиани же стоит особняком, сохраняя в себе память о древней земле за пределами Кавказа. Встречается фамилия и в форме Маргианов — это результат обрусения окончания, когда грузинский суффикс заменили на русский -ов, но такое написание значительно реже.