Фамилия Маркоданов на первый взгляд кажется составной, и это действительно так. В её основе лежат два корня: «Марк» и «Дан». «Марк» — это популярное каноническое имя, пришедшее через христианство (лат. Marcus — «молоток» или посвящённый богу Марсу). Вторая часть — «Дан» — может происходить либо от имени Даниил (в краткой форме Даня), либо от глагола «дать» (то есть «данный», «подаренный»). Однако не стоит путать эту фамилию с более распространённой Мардановой: здесь звук «к» чёткий и не является результатом оглушения.

Скорее всего, фамилия образована от составного прозвища-оберега «Маркодан». В русской народной традиции такие двухосновные прозвища (типа «Богдан», «Некрас») давали с определённым смыслом. «Маркодан» могло означать «Марком данный» — то есть ребёнок, которого Бог (через святого Марка) даровал семье после долгих молитв. Это объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения: составные имена такого типа были характерны для южнорусских и украинских земель, но редко превращались в фамилии на -ов. Если бы прозвище было просто «Марк», мы бы имели Маркова; если бы «Дан» — Данилова. А «Маркоданов» — это как раз тот случай, когда прозвище застыло целиком.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей сын?» — Маркоданов. Это говорит о том, что родоначальника звали именно Маркоданом, а его потомки уже получили фамилию по отцу. Географически фамилия редкая, встречается точечно, преимущественно в Ростовской области и Краснодарском крае — то есть в зонах позднего заселения, куда переселенцы приносили свои уникальные прозвища. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что намекает на её позднее оформление (вероятно, уже в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии).

Словообразовательная модель здесь нестандартная: мы имеем не просто имя + суффикс, а сращение двух основ с последующей суффиксацией. Аналогичные по структуре фамилии — Богданов (Богом данный), Радионов (ради Иоанна), но Маркоданов стоит особняком, поскольку вторая часть не отвлечённое понятие, а тоже имя. Среди однокоренных можно назвать Маркова, Данилова, но прямой параллели нет — это самостоятельная и довольно редкая фамилия, хранящая в себе историю конкретного прозвища, которое когда-то дали человеку с пожеланием божественного дара.