Фамилия Маркуша звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. Её основа — краткая форма имени Марк, распространённая в южнославянских и западноукраинских говорах. Если в России уменьшительное от Марка чаще звучало как Маркуша, то у сербов, хорватов или русинов та же форма могла закрепиться уже в качестве самостоятельного прозвища. Именно с этой территории, скорее всего, фамилия и попала в русскую среду.

Словообразовательная модель здесь необычна для великорусских фамилий. Отсутствие суффикса -ов, -ев или -ин — главный маркер. Фамилии на -а, -я (Маркуша, Сокира, Голова) типичны для украинской и белорусской ономастики. В русском контексте они часто указывают на западнорусское происхождение носителя или на то, что фамилия была записана в том виде, в каком бытовало прозвище, без последующей русификации.

Значение фамилии прозрачно: Маркуша — это «маленький Марк» или «Марк, сын». В основе лежит латинское имя Marcus, которое, по одной из версий, связано с богом войны Марсом. Однако в быту имя давно утратило античную окраску и воспринималось просто как христианское. Прозвище Маркуша могли дать не только по имени отца, но и как ласковое обращение к мальчику или низкорослому мужчине.

Географически фамилия тяготеет к западу. В дореволюционных источниках носители фамилии Маркуша чаще всего встречались в Подольской, Волынской и Киевской губерниях. Встречается она и у современных украинцев, белорусов и поляков, причём у последних может писаться как Markusza. В России фамилия редкая, но не единичная — её можно найти в южных областях, куда шли миграционные потоки с Украины.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к русскому слову «маркуш» (сорт груши) или к «маркизу» (дворянский титул). Это народная форма имени, и предки человека с такой фамилией, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а не дворянами. Никакого тайного смысла, кроме имени родоначальника, здесь нет.