Фамилия Маругий — редкая, и её происхождение неочевидно. В ней не встречается типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский, которые обычно указывают на принадлежность отцу или поместью. Окончание -ий характерно для украинских, польских и южнорусских фамилий, образованных от прилагательных. Скорее всего, Маругий — это украинская или белорусская фамилия, возникшая из прозвища.

Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «маруга». В южнорусских и украинских говорах так называли неряху, грязнулю или человека в неопрятной одежде. Корень «мар-» здесь родствен слову «марать» — пачкать. Прозвище Маруга давали тому, кто ходил в замаранном, нечистом платье. Со временем оно превратилось в фамилию Маругий, то есть «тот, кто из рода Маруги».

Другая, менее распространённая гипотеза выводит фамилию из уменьшительной формы имени Марк или Маркел. В народной речи эти имена могли звучать как Маруга, а отчество от такого имени дало бы фамилию Маругий. Однако эта версия слабее: для образования фамилий от имён чаще работали суффиксы -ов/-ев, а не -ий.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи. Её можно встретить среди потомков казачества и крестьянства Украины, а также в приграничных районах России — Курской, Белгородской, Воронежской областей. В центральных и северных русских губерниях она почти не фиксируется, что подтверждает её украинско-белорусский характер.

О сословном происхождении носителей фамилии сказать что-то определённое сложно. Скорее всего, это были крестьяне или казаки, получившие прозвище по внешнему виду или поведению. Известных исторических деятелей с фамилией Маругий не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном бытовании без выхода на дворянские или купеческие круги.