Фамилия Марухенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной по патронимическому типу. Суффикс -енко, один из самых распространённых в Украине, буквально означает «маленький» или «сын». Таким образом, Марухенко — это «сын Маруха» или «потомок Маруха». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые чаще закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, фамилии на -енко были массово распространены в среде казачества и мещанства Левобережной и Слободской Украины уже в XVII–XVIII веках.

Основа фамилии — Марух — это народная, разговорная форма канонического имени Марк или, реже, Мартын. В украинской традиции имена часто усекались и обрастали суффиксами субъективной оценки: Марк → Марух (с суффиксом -ух, придающим оттенок фамильярности или принадлежности к простому люду). Аналогично образованы фамилии Марущенко, Марушко, Марунин. Версия о происхождении от прозвища «Маруха» (от глагола «марудить» — пачкать, возиться) менее вероятна: в основе подавляющего большинства украинских фамилий на -енко лежит именно крестильное имя, а не прозвище.

Географически фамилия Марухенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Сумщине. Это типичная «хуторская» фамилия, которая фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках XIX века. В России она встречается значительно реже и почти всегда указывает на украинские корни семьи, переселившейся в ходе столыпинской аграрной реформы или индустриализации.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Марущенко (с суффиксом -ищ, увеличительным) или Марушко (с уменьшительным -к-), форма Марухенко сохранила архаичный суффикс -ух, который в современном украинском языке почти вышел из употребления как активный словообразовательный элемент. Это делает фамилию своеобразным лингвистическим «свидетелем» языка XVII века. Носитель фамилии Марухенко может быть уверен, что его предки жили на территории современной Украины, были свободными людьми (не крепостными, так как у крепостных фамилии часто давались по помещику) и носили имя Марк в его народном, бытовом варианте.