Фамилия Марухин образована от прозвища Маруха, и здесь есть две основные версии. Первая и наиболее правдоподобная связывает прозвище с глаголом «марать»: Марухой в народе называли неопрятного, пачкотливого человека. Такие прозвища по поведению или внешнему виду давали очень часто, и именно эта версия объясняет корень фамилии без лишних допущений.

Вторая версия ведет происхождение от женского имени Мария. В просторечии бытовали уменьшительные формы Маруха, Марушка — так в семье могли ласково называть дочь или жену. Однако фамилии, образованные от женских имён, встречаются реже: обычно основой служило имя отца. Если Марухой звали мать, то её дети могли получить фамилию Марухины, но это скорее исключение. Древнееврейское значение имени Мария — «любимая, желанная; госпожа» — к самому прозвищу прямого отношения не имеет, это лишь этимология исходного имени.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Марухи». В документах XV–XVII веков можно встретить крестьян и посадских людей с таким именованием, но конкретных исторических личностей с фамилией Марухин в ранних источниках не зафиксировано. Географически фамилия встречается повсеместно, но чаще — в центральных и южных областях России, где формы вроде «Маруха» были в ходу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Марушкин, Марухнов — показывает, что основа «Марух-» могла иметь и диалектные оттенки. В некоторых говорах «маруха» означала не только неряху, но и женщину лёгкого поведения или просто бранное слово. Это косвенно подтверждает, что прозвище скорее относилось к отрицательной характеристике, чем к имени.