Фамилия Марухины образована от прозвища, и разбирать её стоит с суффикса. -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Марухин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Маруха. Это типичная модель русских фамилий, где основа — личное прозвище или имя.

По поводу самой основы Маруха есть две версии, и первая убедительнее. Маруха могла быть формой от глагола «марать» — так в говорах называли неопрятного, пачкающегося человека, реже — неряху вообще. Прозвища такого типа давали по заметной внешней черте или поведению, и они легко закреплялись за родом.

Вторая версия связывает Маруху с женским именем Мария. В просторечии от Марии образовывали уменьшительные формы вроде Маруха, Манюха, Манечка. Если прозвище Маруха дали мужчине, оно могло указывать на его особую привязанность к матери или жене, но чаще такие формы получали дети, рождённые вне брака, — их называли по матери, а не по отцу. В этом случае фамилия Марухин — метронимическая, то есть образованная от имени матери. Это редкий, но известный в русской ономастике случай: фамилии на -ин от женских имён встречаются, но составляют меньшинство.

Географически фамилия Марухины тяготеет к центральным и южным областям России, где был распространён говор с формой «Маруха». В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, но привязать фамилию к конкретному роду без генеалогического поиска сложно. Процесс становления фамилий шёл несколько столетий, и окончательно они закрепились в XIX веке, после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным массово давали фамилии по прозвищам отцов.

Из двух версий более вероятна первая — от «марать». Она проще и логичнее для прозвища: называть человека Марухой за неопрятность — обычная практика. Версия с именем Мария хоть и возможна, но требует дополнительных обстоятельств (например, внебрачное рождение), которые встречаются реже.