Фамилия Марусинин — из числа тех, что образованы от женского имени. В её основе лежит уменьшительная форма Маруся, которая восходит к полному имени Мария. Это имя — одно из самых распространённых в христианском мире, и его значение толкуют по-разному. С древнееврейского его возводят к словам со значением «отвергнутая» или «печальная», а в православной традиции закрепился перевод «госпожа». Так или иначе, потомок женщины по имени Мария, которую в быту звали Марусей, со временем получил фамилию Марусинин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Марусинин буквально значит «чей?» — «сын Маруси» или «внук Маруси». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу, фамилии на -ин могли фиксировать родство по материнской линии, особенно если женщина играла заметную роль в семье или оставалась единственной кормилицей после смерти мужа. Поэтому предок носителя фамилии Марусинин, скорее всего, был человеком, чью мать или бабушку все знали как Марусю.

Фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Сравнение с однокоренными фамилиями — Марусин, Марусов, Марушкин — показывает, что все они образованы от разных производных одного имени. Марусинин выделяется повторяющимся суффиксом -ин, который мог закрепиться в говорах, где ценили полные, «длинные» формы фамилий. Социальных перегородок у этой фамилии не было: её мог носить и крестьянин, и мещанин, если в документах зафиксировали именно такую форму.