Фамилия Марутько — характерный пример украинской модели образования фамилий на -ко. В украинской ономастике суффикс -ко, -енко, -ук, -чук выполнял функцию отчества или указания на принадлежность к роду. В данном случае -ко (в форме -тько) присоединяется к основе, восходящей к уменьшительному имени Марута.

Марута — это народная, разговорная форма от канонического имени Мария. В украинской традиции такие «обрубленные» имена с суффиксом -ута (как Мар’яна, Гапута, Іванута) были распространены в быту. Соответственно, Марутько — буквально «маленький Марута» или «сын Маруты». То есть фамилия метронимическая: она образована не от имени отца, а от имени матери. Метронимические фамилии на Украине встречаются реже патронимических, но они существуют, особенно в западных регионах, где в некоторых семьях детей записывали по матери, если она была вдовой или главой хозяйства.

В написании фамилии обращает на себя внимание мягкий знак: Марутько, а не Марутко. Он указывает на мягкое произношение согласного [т’] — это типично для украинской фонетики в таких суффиксах. В русскоязычной среде фамилию могли записывать и без мягкого знака, но исходная форма именно с ним.

Географически фамилия Марутько наиболее вероятна в западной и центральной Украине — в бывших Волынской, Киевской, Подольской губерниях. Встречается она и в Беларуси, но там чаще пишется как Марутко или Маруцько. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или казачеству — в этих средах имена-основы вроде Марута бытовали естественно.

Есть и альтернативная версия: от прозвища Марута, которое могло происходить от глагола «марудити» (медлить, возиться) или от диалектного «маруткий» (вялый, сонный). Но она менее убедительна, так как прозвищ с таким корнем в украинских говорах почти не зафиксировано, а имя Мария — самый прямой и массовый источник.