Фамилия Матанина — редкий случай, когда женская форма не просто вариация, а, скорее всего, исходная точка для разговора. В русской ономастике фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Матанин — сын Матани. Но Матанина — это либо женский вариант той же фамилии (жена или дочь Матанина), либо, что интереснее, застывшая форма родительного падежа, которая могла закрепиться за целым родом в северных говорах. На Русском Севере, особенно в Архангельской и Вологодской губерниях, фамилии на -их/-ых и -ин/-а часто бытовали в форме женского рода, обозначая «из дома Матаниных».

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Матаня. В русских диалектах «матаня» — ласковое обращение, близкое к «милый», «любимый», «жена». В псковских и тверских говорах так могли называть ухажёра или супруга, а в некоторых местах — просто близкого человека. Есть и вторая, менее романтичная версия: «матать» в ряде говоров означает «мотать, наматывать» или «быстро ходить, суетиться». Тогда Матаня — прозвище непоседы или человека, занятого сматыванием пряжи, верёвок.

Фамилия редкая, её география узкая. Основные очаги — северные области: Архангельская (особенно Пинежский и Мезенский районы), Вологодская, а также Кировская область. Встречается она и у поморов, что косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении: в поморской среде «матаня» — и ласковое слово, и название небольшого судна или снасти.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин- указывает на принадлежность. Но если сравнивать с однокоренными фамилиями — Матанов, Матанин, Матановский — то Матанина стоит особняком: она сохранила исходную форму с конечным -а, что типично для фамилий, возникших в среде, где женский род был грамматически первичен для обозначения семьи. Социально это, скорее всего, крестьянская фамилия: ни в дворянских родословных книгах, ни в списках купеческих гильдий она не фигурирует. Носители — простые люди, чьи предки получили прозвище по домашнему обращению или по занятию.