Фамилия Матвеенкова образована от мужского крестильного имени Матвей, которое в переводе с древнееврейского означает «дарованный богом». Сама форма фамилии указывает на модель «сын человека по имени Матвей»: суффикс -енк- в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам на мягкий согласный и означал принадлежность роду. Такой тип фамилий широко бытовал на украинских и южнорусских землях, где уменьшительно-ласкательная форма Матвеенко («маленький Матвей» или «наследник Матвея») постепенно закрепилась как родовое прозвание. Окончание -а в женском варианте — естественное склонение по грамматическому роду, а мужской вариант звучит как Матвеенков.

Скорее всего, основатель рода Матвеенковых был представителем высшего сословия, поскольку в старину полные формы имени, а не их просторечные сокращения, чаще использовались в среде духовенства, дворянства и зажиточных крестьян. Впрочем, не стоит исключать и более простую версию: имя Матвей было чрезвычайно распространено среди всех слоёв населения, поэтому фамилия могла возникнуть независимо в разных местностях. Обратите внимание, что однокоренные фамилии — Матвеев, Матвеенко, Матвеичев, Матвеенков — образованы от одной основы, но разными суффиксами, и каждая из них отражает свою региональную традицию имяобразования. У Матвеенковых же суффикс -енк- прямо указывает на южнорусские или украинские корни рода, что делает эту фамилию заметной среди прочих «матвеевских» родов.